Une installation propre sera toujours à privilégier.
Dans la mise à jour vers Windows 10, il propose ce qu'on veux faire, tout garder (logiciels et données), juste les données, ou tout effacer.
Dans la supposition où l'on a de quoi faire des sauvegardes et de pouvoir réinstaller ses logiciels, je conseille de mettre au chaud ses données, et de demander à l'assistant de tout effacer.
Peut importe le choix fait dans l'assistant, la clé de licence se mettra à jour.
Ensuite, si l'on a encore du temps à perdre, l'idéal est de booter sur le support d'installation de Windows 10, de virer toutes les partitions du disque dur qui hébergera l'OS, et de reprendre à zéro les partitions voulues.